Описание
Действие игры разворачивается двадцать пять лет спустя концовки первой части. Из-за убийства недавно избранного президента Коалиции Защиты Колоний произошёл разрыв мирных отношений между Объединённой Федерацией Земли, Эон (Просвещёнными) и Нацией Кибран.Первая кампания, посвящённая ОФЗ (Объединённой Федерации Земли) ведётся от лица офицера Доминика Мэддокса, женатого на Просветленной. Он сражается с Кибранами, пока его руководство не объявляет всех Просвещённых террористами, поручив ему миссию очистить от них его родной город. Мэддокс восстаёт против своего начальства, и отстраняет своего командира от власти. После этого он уничтожает правительство ОФЗ и находит портал на планету Серафим-VII, открывая доступ ко второй кампании.Вторая кампания посвящена Эон, и командиру Талии Каэл, желающей восстановить былое величие Просветлённых.Позднее к ней присоединиться командующий Уильям Годж, который в предпоследней миссии уничтожит город Просветлённых и перечислит все ужасные деяния Талии.В последней будет оборонять врата ведущие к Шиве Прайм, но Годж пройдет через них.Третья кампания, посвящённая Кибранам, ведётся от лица Ивана Брэкмана — экспериментального генетического соединения (клона) доктора Густава Бракмана и элитного командира Достьи, и старого знакомого Мэддокса, который сражается под руководством доктора.Заключительная битва происходит на поверхности древнего экспериментального терраформера Шива Прайм, но командующий Годж сумел спастись и засел на какой-то планете в лаборатории вместе с создателем Ивана Брэкмана. После сражения Иван уничтожает терраформер, несмотря на протесты своего создателя.
